Markus Hein ist als freischaffender Dirigent im In- und Ausland tätig. Engagements führten ihn zur Oper Schloss Hallwyl, zum Argovia Philharmonic, zum Südwestdeutschen Kammerorchester Pforzheim, zum Polizeiorchester Bayern sowie als Pianistendarsteller regelmäßig an die Staatsoper Stuttgart sowie zum Münchner Volkstheater. Er dirigierte darüber hinaus u.a. die Deutsche Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, die Bad Reichenhaller Philharmonie sowie die Münchner Symphoniker.
An den Musikhochschulen in München und Würzburg absolvierte er die Studiengänge Orchesterleitung, Musiktheorie, Gehörbildung und Schulmusik – jeweils mit Auszeichnung – und war u.a. Stipendiat des Deutschlandstipendiums.
Markus leitet die Bläserphilharmonie Regensburg sowie das Orchester des „Collegium Muwicum“ an der Ludwig-Maximilians-Universität München. Er unterrichtet Orchesterleitung an der Hochschule für Musik und Theater München, gibt Dirigierkurse und ist zudem in der Bildregie für Musikproduktionen u.a. für die Berliner Philharmoniker tätig. Seit November 2023 ist Markus Dirigent des Sinfonieorchesters Memmingen.